農産物や食品の物流効率化に使える国の補助金はあります。農林水産省の持続可能な食品等流通総合対策事業は、モーダルシフトや共同輸配送、標準パレットの導入、物流の自動化・省力化・品質管理に必要な設備・機器の導入を支援する事業で、令和8年度当初予算は前年度の3.5倍にあたる4.2億円へ増えました。この記事では、対象者、支援メニュー、補助率、公募の確認先を、産地・JA・食品事業者向けに整理します。最新の要件は農林水産省の一次情報をご覧ください。
概要
持続可能な食品等流通総合対策事業は、農林水産省が食品物流対策として進める「物流革新に向けた取組の推進」に位置づけられた事業です。令和8年度当初予算の持続可能な食品等流通対策事業（4.2億円）と、令和7年度補正予算の食品等物流合理化緊急対策事業（約19.7億円）で構成されます。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 対象となる方 | 産地・JA・出荷団体、卸売業者・仲卸、食品メーカー、物流業者、卸売市場開設者など。食品流通業者等で構成される協議会等を通じて支援を受けられます。 |
| 使える支援 | モーダルシフト、共同輸配送・中継輸送、標準パレットの導入、デジタル化・データ連携、ラストワンマイル配送、自動化・省力化・品質管理設備の導入、専門家の伴走支援、輸出物流の構築、中継共同物流拠点の整備です。 |
| 補助率 | 定額または2分の1以内です。中継共同物流拠点の整備は10分の4以内・3分の1以内です。 |
| 予算 | 令和8年度当初予算4.2億円（前年度1.2億円の3.5倍）、令和7年度補正予算約19.7億円です。 |
| 詳しくは | 公募は年度・メニューごとに告示されます。農林水産省の補助金等公募情報で最新の公募要領を確認しましょう。 |
対象となる方
この事業の交付先は、食品流通業者等で構成される協議会等が基本です。産地・JA・出荷団体、卸売業者、物流業者、卸売市場開設者、食品メーカーなどが連携体をつくり、協議会として申請する形が想定されています。専門家派遣の伴走支援は民間団体等を通じて行われ、物流改善に取り組む方が産地や業界の課題に応じて支援を受けられます。
1社・1団体で完結する設備投資というより、産地から消費地までの流通をつなぐ関係者が一緒に効率化へ取り組むための補助金です。取引先の卸売業者や運送会社と課題を共有できている産地・事業者ほど使いやすい制度といえます。
どんな取組で支援を受けられるか
支援メニューは、令和8年度当初予算の持続可能な食品等流通対策事業と、令和7年度補正予算の食品等物流合理化緊急対策事業の2本立てです。なお、強い農業づくり総合支援交付金による卸売市場・共同物流拠点の施設整備や卸売市場緊急整備事業など、食品物流に使える国の補助金・支援事業の全体像は食品物流の補助金・支援事業まとめの記事で一覧にしています。
持続可能な食品等流通対策事業でできること
令和8年度当初予算4.2億円で、次の取組と設備・機器等の導入を支援します。
- 物流の標準化——標準仕様のパレット導入など。青果物では11型パレットへの統一が進んでおり、産地での進め方は青果物のパレット化・流通標準化の解説記事で扱っています。
- デジタル化・データ連携——伝票の電子化、トラック予約システムの導入など。
- モーダルシフト——鉄道・船舶への輸送の切り替え。
- ラストワンマイル配送——移動販売車や乗合バスの導入など、消費地の最終配送の工夫。
- 自動化・省力化・品質管理に必要な設備・機器の導入——冷蔵庫・パレタイザーの導入や物流施設の利用など。
食品等物流合理化緊急対策事業でできること
令和7年度補正予算で措置された緊急対策で、4つのメニューに分かれます。予算は①〜③あわせて約9.7億円、④が約9.9億円です。
- ①物流生産性向上推進事業——標準パレットの導入、デジタル化・データ連携、モーダルシフト等の取組や、物流の効率化に必要な設備・機器等の導入を支援します。
- ②推進事業——物流改善に取り組む方を対象に、産地等の課題に応じて物流の専門家等を派遣する伴走支援です。何から手を付けるか迷う場合の入口になります。
- ③輸出物流構築事業——地方港湾・空港を活用した新たな輸出物流を構築する取組や、輸出基地の確保、デジタル化、自動化・省人化に必要な設備・機器の導入を支援します。
- ④中継共同物流拠点施設緊急整備事業——中継輸送、共同輸配送、モーダルシフト等に必要となる中継共同物流拠点の整備を支援します。大型車に対応したトラックバースや、コールドチェーン確保のための冷蔵設備が整備の対象です。
補助率と交付の流れ
補助率はメニューによって変わります。国から協議会等へ交付される流れが基本で、中継共同物流拠点の整備だけは協議会を構成する流通業者・物流業者・卸売市場開設者等が交付先です。
| 支援メニュー | 交付先 | 補助率 |
|---|---|---|
| 持続可能な食品等流通対策事業 | 食品流通業者等で構成される協議会等 | 定額、2分の1以内 |
| 物流生産性向上推進事業・輸出物流構築事業 | 食品流通業者等で構成される協議会等 | 定額、2分の1以内 |
| 推進事業（専門家の伴走支援） | 民間団体等 | 定額 |
| 中継共同物流拠点施設緊急整備事業 | 協議会を構成する流通業者、物流業者、卸売市場開設者等 | 10分の4以内、3分の1以内 |
上限額や対象経費の細目は、公募のたびに告示される公募要領で定められます。
公募と申請の流れ
公募は年度・メニューごとに行われ、農林水産省の補助金等公募情報に掲載されます。所管は大臣官房新事業・食品産業部食品流通課で、中継共同物流拠点の整備は卸売市場室が担当します。申請までの進め方は次のとおりです。
- 自社・産地の物流課題を洗い出します。荷待ち・手荷役の時間、積載率、長距離輸送の負担、庫内作業の人手不足などが着眼点です。
- 課題に合うメニューを選びます。設備・機器の導入や輸送の切り替えは持続可能な食品等流通対策事業か物流生産性向上推進事業、進め方の相談から始めたい場合は専門家派遣の伴走支援、拠点の整備は中継共同物流拠点施設緊急整備事業が入口です。
- 連携する相手を決めます。交付先は食品流通業者等で構成される協議会等が基本のため、取引先の卸売業者・物流業者・卸売市場開設者などと早めに体制をつくります。
- 補助金等公募情報で該当メニューの公募要領を確認します。対象者・補助率・上限額・締切・必要書類が定められています。
- 公募要領に沿って申請し、採択後に取組を実施します。
産地で進むモーダルシフト・共同輸配送
農水産物・食品の輸送は96.5％をトラックが担っています。鉄道・船舶への切り替えには輸送スケジュールや輸送ロットの調整、品質保持といった課題があるため、この事業では輸送の実証や中継共同物流拠点の整備を支援し、産地の実情に合った切り替えを後押しします。
北海道産のスイートコーンやブロッコリーなど夏野菜を含む青果物では、苫小牧港からRORO船で茨城県の大洗港へ運び、常総市に設けた中継拠点で一次配送と二次配送に切り分ける取組が始まっています。従来は1台の20トントレーラーによる長距離輸送で1人のドライバーが8.4時間拘束されていましたが、切り分け後の一次配送の拘束時間は1〜3時間に短縮されました。中継拠点の高機能冷蔵庫で青果物を保管することで、流通できる時期を数週間延ばせるようになり、廃棄ロスの削減にもつながっています。
共同輸配送でも、出荷量が減る閑散期に複数JAの荷物を混載する共同輸送の実証（岩手）や、集荷トラックと幹線トラックの役割分担で積載率を60％から80〜90％へ高めた例（佐賀）が生まれています。いずれも1産地・1社では完結しない取組で、協議会を通じて支援するこの事業の枠組みと重なります。
国が目指す食品物流効率化の方向
農林水産省は、2025年度から2030年度までの重点取組事項としてパレット標準化、モーダルシフト・中継輸送、デジタル化、商慣習の見直しを掲げています。積載効率の向上、荷待ち・荷役時間の短縮、長距離輸送の削減による輸送能力の確保を通じ、食品等の流通を確保する農林水産施策の基盤とする方向です。持続可能な食品等流通総合対策事業の支援メニューは、この重点取組事項に対応しています。
政策目標は、流通の合理化を進め、飲食料品卸売業における売上高に占める経費の割合を12.4％（令和5年度実績）から令和12年度までに10％へ引き下げることです。2025年4月に施行された物流効率化法で全ての荷主・物流事業者に物流効率化の努力義務が課されており、補助金による後押しと法律による底上げが並行して進んでいます。
キーワード解説
モーダルシフト
トラック輸送を鉄道・船舶などへ切り替える取組です。長距離輸送の削減と輸送能力の確保につながります。農水産物・食品では、予冷・防振をしたうえでの切り替えが想定されています。
共同輸配送
複数の荷主が荷物をまとめて運ぶ取組です。閑散期の混載や行き先ごとの積合せで積載効率が高まり、車両台数とドライバーの拘束時間を減らせます。
中継共同物流拠点
複数の荷主やルートの荷物を集約し、中継輸送や共同輸配送を行う施設です。大型車に対応したトラックバースや、コールドチェーン確保のための冷蔵設備の整備が補助対象です。
標準パレット
規格を統一したパレット（荷物を載せる台）です。青果物流通標準化ガイドラインでは、サイズは原則1100×1100ミリの11型、材質はプラスチック製を推奨、運用はレンタルが基本とされています。
ラストワンマイル配送
消費地での最終区間の配送です。移動販売車や乗合バスの導入など、地域の実情に合わせた配送の工夫が支援対象です。
よくある質問
農産物や食品の物流改善に使える国の補助金はありますか
あります。農林水産省の持続可能な食品等流通総合対策事業で、モーダルシフトや共同輸配送、標準パレットの導入、デジタル化・データ連携、自動化・省力化・品質管理設備の導入、輸出物流の構築、中継共同物流拠点の整備まで支援を受けられます。
農家やJA、1社単独でも申請できますか
交付先は食品流通業者等で構成される協議会等が基本です。産地・JA・卸売業者・物流業者などが連携体をつくって申請する形が想定されています。専門家派遣の伴走支援は、物流改善に取り組む方を対象に産地等の課題に応じて行われるため、単独で課題を抱える産地の相談の入口になります。
補助率はどれくらいですか
定額または2分の1以内です。中継共同物流拠点施設緊急整備事業は10分の4以内・3分の1以内で、交付先も協議会を構成する流通業者・物流業者・卸売市場開設者等に変わります。上限額や対象経費は公募要領で定められます。
公募はいつ・どこで確認できますか
公募は年度・メニューごとに行われ、農林水産省の補助金等公募情報に掲載されます。所管は大臣官房新事業・食品産業部食品流通課で、中継共同物流拠点の整備は卸売市場室の担当です。締切や必要書類はメニューごとに異なるため、最新の公募要領を確認しましょう。
次の一歩
まず、自社・産地の物流のどこに時間とコストがかかっているかを書き出し、支援メニューのどれに当たるかを整理しましょう。次に、連携できる取引先の卸売業者・物流業者・卸売市場開設者に声をかけ、協議会の体制づくりを始めます。そのうえで、農林水産省の補助金等公募情報で最新の公募要領を確認し、進め方に迷う場合は専門家派遣の伴走支援から検討してください。