強い農業づくり総合支援交付金【令和8年度】補助率・上限と公募スケジュール・対象を解説

強い農業づくり総合支援交付金は、産地の施設整備から流通の効率化までを後押しする、農林水産省の基幹的な交付金です。「強い農業づくり交付金」とも呼ばれ、産地の施設整備の補助金や共同利用施設の補助金を探す方が出会う制度のひとつです。物流の効率化、産地の再編合理化、輸出拡大、みどりの食料システム戦略への対応など、広がる投資ニーズに対応します。

特徴は、単に施設を整備するだけでなく、生産から流通までを見通した支援として設計されている点です。支援は3つのタイプに分かれ、対象者も補助率も異なります。まず違いを押さえると、制度の全体像が見えやすくなります。

この交付金の要点

強い農業づくり総合支援交付金とは

強い農業づくり総合支援交付金は、産地の施設整備や食料システムの再構築に向けた投資を支援する、農林水産省の交付金です。食料・農業・農村基本法の改正を踏まえ、新しい食料システムを構築するための投資を支援します。単に施設を建てるだけでなく、生産、集出荷、加工、物流までの課題をまとめて解決する視点が入っています。

あわせて、産地の収益力強化や持続的な発展、食品流通の合理化も狙いに含まれます。産地側の基盤整備だけでなく、流通段階の効率化や衛生管理の高度化まで対象が広がっているのが特徴です。

3つの支援タイプを整理する

1. 食料システム構築支援タイプ

実需者とのつながりの核となる拠点事業者と、農業者・産地・食品企業などの連携者が一体となって、生産から流通までの課題解決に取り組むタイプです。3年の「食料システム構築計画」に基づき、ソフトとハードを組み合わせて進める仕組みです。

具体例としては、新技術の栽培実証、高度環境制御栽培施設、出荷規格の実証、集出荷貯蔵施設、GAP導入、農産物処理加工施設などが挙がっています。個別の設備整備だけでなく、実証や運用改善も対象に入る点が重要です。

2. 産地基幹施設等支援タイプ

こちらは、産地の競争力強化に必要な産地基幹施設を支援するタイプです。集出荷貯蔵施設や冷凍野菜の加工・貯蔵施設など、産地で中核となる施設の整備が中心です。あわせて、再編合理化に必要な施設再編も支援対象に含まれています。

輸出拡大、みどりの食料システム戦略、産地における戦略的人材育成に必要な施設整備についても、通常メニューとは別枠で支援します。単なる維持更新だけでなく、政策課題に直結する投資を後押しする仕組みです。産地全体の体質強化を狙う取組は、産地生産基盤パワーアップ事業もあわせて確認すると選択肢が広がります。

3. 卸売市場等支援タイプ

流通段階に重点を置くのがこのタイプです。物流の効率化、品質・衛生管理の高度化、産地・消費地での共同配送に必要なストックポイント等の整備が想定されています。農業者向けの制度というより、卸売市場等支援タイプとして市場・物流機能も含めたフードチェーン全体を支えるタイプと見ると分かりやすいです。

補助率と補助額の上限はタイプごとに違う

交付条件は一律ではありません。補助率も補助額の上限もタイプごとに異なるため、同じ交付金でも条件は同じと考えない方が安全です。

とくに卸売市場等支援タイプは4/10以内等で、産地基幹施設等支援タイプの1/2以内等とは条件が異なります。ここは同じ交付金の中でも条件差が大きい部分として押さえておきたいところです。共同利用施設や共同物流拠点の整備に関する補助は、共同利用施設の整備を支援する制度もあわせて比較すると、条件の違いを把握しやすくなります。

補助額はいくら？事業費別の早見と対象施設の目安

補助率「1/2以内」が実際にいくらになるかは、事業費の規模で決まります。産地基幹施設等支援タイプ（補助率1/2以内）を例にすると、目安は次のとおりです。残りの1/2は自己負担で、地方単独補助やJAの負担、融資の活用などで賄うのが一般的です。

対象となる施設の規模感もつかんでおくと、事業費の見積もりがしやすくなります。施設別の概算費用の目安は次のとおりです。

施設別の概算費用は民間の整備事例にもとづくおおまかな目安で、規模・仕様により大きく変わります。実際の補助率・上限・対象経費は支援タイプとその年度の公募要領で確認してください。

産地基幹施設等支援タイプの主な要件

もっとも問い合わせが多い産地基幹施設等支援タイプには、原則として次の要件があります。個人単独では申請できず、産地・地域でまとまった取組であることが前提です。

• 受益農業従事者が5名以上（おおむね年150日以上従事する農業者）であること
• 総事業費が原則5,000万円以上であること
• 費用対効果（B/C）が1.0以上と見込まれること
• 秀品率の向上・生産コストや労働時間の削減・契約取引や加工業務用・輸出向けの拡大など、競争力強化の数値目標を設定すること

逆に、個人だけの申請、受益者5名未満、総事業費5,000万円未満、費用対効果を示せない、単なる老朽更新のみ、といった計画は対象外になりやすい点に注意します。要件の詳細はその年度の公募要領で確認してください。

優先されやすい取組は何か

物流2024年問題への対応、集出荷・加工の効率化に向けた再編合理化、中山間地域の競争力強化に関する取組については、ポイント加算などで積極的に支援されます。評価項目や加点要素は、実際の公募段階でより細かく示される可能性があります。

このため、単に施設を更新したいという説明よりも、「物流負荷をどう下げるか」「産地の再編合理化にどうつながるか」「中山間地域の競争力強化にどう資するか」を結びつけて整理する方が、制度趣旨に沿った説明になりやすいです。

令和8年度予算から見えること

令和8年度予算額は12,013百万円で、前年度は11,952百万円です。大きく急増した印象ではありませんが、引き続き一定規模の投資枠を確保しているといえます。事業目標として、業務用野菜の国産切替量32万t、化石燃料を使用しない園芸施設への完全移行、飲食料品卸売業の経費割合削減などが並んでおり、政策課題の幅広さがうかがえます。

令和8年度の公募スケジュール

公募の時期は支援タイプで異なります。都道府県をまたぐ全国の取組を対象とする食料システム構築支援タイプ（全国の取組）は農林水産省へ直接提出する方式で、令和8年度は1回目が令和8年1月27日〜2月3日、2回目が令和8年4月14日〜4月28日に公募されました。一方、産地基幹施設等支援タイプなどは市町村・都道府県を経由するのが基本で、年度初め（おおむね4〜6月ごろ）に動き出し、締切は都道府県によって異なります。

いずれのタイプでも、採択（交付決定）の前に着工した施設は補助対象になりません。整備を考えている場合は、年度が替わる前から都道府県の農政担当窓口やJAに相談し、事業計画・費用対効果・数値目標の準備を早めに始めておくことが大切です。最新の公募回次・締切は、その年度の公募要領で必ず確認してください。

自分（自社）が対象になるか確認する

この交付金が自分の取組に合うかは、次の順で見ると判断しやすくなります。申請期限や詳細要件は個別の公募で確認しますが、全体像はここで整理できます。

• 自分たちの取組が3タイプ（食料システム構築・産地基幹施設等・卸売市場等）のどれに当たるか
• 対象者の区分（農業者の団体、農業法人、拠点事業者と連携する事業者、市場・物流拠点の整備主体など）に当てはまるか
• 補助率と補助額の上限がどの条件になるか
• 計画策定が必要か、都道府県経由か、国の直接採択か
• 評価で見られそうな政策課題（物流効率化、再編合理化、輸出など）と関係するか

手続き・申請の流れ

食料システム構築支援タイプは、拠点事業者と連携者が3年の食料システム構築計画を立て、それに基づいてソフトとハードを進めます。産地基幹施設等支援タイプや卸売市場等支援タイプは、整備する施設の内容に応じて支援メニューを選びます。いずれも、計画づくりの段階から都道府県の担当窓口や農林水産省の公募要領にあたって進めるのが基本です。実際の申請時期や提出書類は、その年度の公募要領をご覧ください。

よくある質問

対象になるのはどんな事業者ですか

農業者の組織する団体、農業法人、拠点事業者と連携する事業者、卸売市場や共同物流拠点の整備主体などが対象です。対象者は支援タイプごとに異なるため、自分の取組がどのタイプに当たるかをまず確認してください。

補助率はどれくらいですか

補助率はタイプごとに異なります。食料システム構築支援タイプは定額や1/2以内など、産地基幹施設等支援タイプは1/2以内など、卸売市場等支援タイプは4/10以内などです。同じ交付金でも条件差があるため、自分が当たるタイプの条件を確認してください。

補助額の上限はどれくらいですか

補助額の上限もタイプごとに設定されています。整備事業は20億円/年、ソフト支援は5,000万円/年、卸売市場等支援タイプは20億円などです。

産地の施設整備や共同利用施設も対象になりますか

対象になります。集出荷貯蔵施設や加工施設などの産地基幹施設は産地基幹施設等支援タイプで、共同物流拠点施設などは卸売市場等支援タイプで支援します。共同利用施設の整備に関する補助は、共同利用施設の整備を支援する制度もあわせて比較してください。

どこに申し込みますか

計画策定が必要か、都道府県経由か、国の直接採択かは支援タイプによって異なります。まずは都道府県の農政担当窓口に相談し、その年度の公募要領で申請先と時期を確認してください。

令和8年度の公募はいつですか

支援タイプによって異なります。食料システム構築支援タイプ（全国の取組）は農林水産省へ直接提出する方式で、令和8年度は1回目が令和8年1月27日〜2月3日、2回目が4月14日〜4月28日に公募されました。産地基幹施設等支援タイプなどは市町村・都道府県を経由し、年度初め（4〜6月ごろ）に動き出すのが基本で、締切は都道府県により異なります。採択前に着工した施設は補助対象外になるため、早めに窓口へ相談してください。

補助率1/2だと、実際いくらもらえますか

補助額は事業費の規模で決まります。産地基幹施設等支援タイプ（補助率1/2以内）なら、総事業費5,000万円で2,500万円、1億円で5,000万円、3億円で1.5億円が目安です。残りの1/2は自己負担となり、地方単独補助やJAの負担、融資の活用などで賄うのが一般的です。

産地生産基盤パワーアップ事業とはどう使い分けますか

どちらも産地の施設整備などを後押しする制度ですが、強い農業づくり総合支援交付金は産地の基幹施設や食料システムの構築・流通の合理化を中心に支援します。一方の産地生産基盤パワーアップ事業は、収益力向上に向けた取組をソフト・ハードの両面で幅広く支援します。取組の中心が「産地の中核施設・共同利用施設の整備」なら本交付金、「産地全体の収益力強化の取組」ならパワーアップ事業が候補になりやすいです。対象経費や補助率が重なる部分もあるため、自分の計画にどちらが合うかは都道府県の農政担当窓口に相談すると整理しやすくなります。

次の一歩

まずは自分の取組が3つの支援タイプのどれに当たるかを整理し、都道府県の農政担当窓口に相談してください。補助率や補助額の上限、計画策定の要否はタイプごとに異なるため、公募要領で条件を確認します。経営の規模拡大や機械・施設の導入を検討している場合は、担い手向けの機械・施設導入支援や、補助金全体を見渡せる農業補助金のガイドもあわせてご覧ください。

キーワード解説

食料システム構築計画

生産から流通までの課題を一体で解決するための計画です。3年計画として組まれています。

産地基幹施設

集出荷、貯蔵、加工など、産地運営の中核となる施設を指します。競争力強化や再編合理化の基盤になります。

卸売市場等支援タイプ

物流効率化や共同配送、品質・衛生管理の高度化など、流通面を中心に支援するメニューです。

まとめ

強い農業づくり総合支援交付金は、産地の施設整備だけでなく、食料システム全体の再構築や流通の合理化まで視野に入れた交付金です。まずは3つの支援タイプの違いを整理することが、全体像をつかむ第一歩になります。

「どの主体が、どの施設や取組で、どの補助条件に当たるのか」を整理すると、自分に合うメニューが見えてきます。制度の詳細や申請要件は、最新の公募要領や一次情報をご覧ください。