みどりの食料システム戦略の認定と支援体制とは｜事業活動を支える体制整備を解説

概要

みどりの食料システム法に基づき認定された事業者・農林漁業者が、環境負荷の少ない資材や新商品の生産販売、流通の効率化、計画に沿った機械・設備の導入を進めるとき、国と都道府県がハード（設備）とソフト（調査・検証・広報）の両面から後押しする事業です。令和8年度当初予算の内数は574百万円、令和7年度補正の内数は4,000百万円です。

みどりの事業活動を支える体制整備とは

みどりの事業活動を支える体制整備は、みどりの食料システム戦略推進交付金の子事業の一つです。みどりの食料システム法に基づく基盤確立事業の認定事業者と、特定環境負荷低減事業活動の認定を受けた農林漁業者の事業活動を支えます。前者には、環境負荷の少ない資材の生産・販売、環境配慮型農産物を用いた新商品の生産・販売、新たな機械・設備による流通の効率化を後押しします。後者には、認定に必要な機械・設備の導入を支援します。

事業目標は、みどりの食料システム戦略で定める令和12年度までのKPIの達成です。中心となるのは、化学的農薬・肥料の使用削減など、環境負荷低減に直結する指標です。設備投資とソフト支援を組み合わせ、認定事業者の取組が地域に広がる体制を整えます。生産現場の技術面から同じ目標を支える関連事業として、グリーンな生産体系加速化事業もあります。

自分が対象になるかを確認する

次のいずれかに当てはまるかどうかが出発点です。いずれもみどりの食料システム法に基づく認定が軸になります。

• 基盤確立事業の認定事業者である——資材・新商品・流通効率化のハード支援と、調査・検証・広報のソフト支援の両方が対象です。ソフトは認定見込みの事業者も含みます。
• 特定計画の認定農林漁業者である——計画の実施に必要な機械・設備の導入が対象です。
• 認定者に資材・機械を供給する関連施策実施事業者である——認定者と一体のサプライチェーンとして設備導入の対象になります。
• 大規模有機を行うみどり認定農業者である——地域でのモデル取組を通じて機械・設備を導入する場合に対象になります。

まだ認定を受けていない場合は、自社の取組がどの認定区分（基盤確立事業／特定計画／みどり認定）になじむかを先に整理します。

2つの事業内容

1．基盤確立事業認定事業者への支援

基盤確立事業の認定事業者が、次の活動を行うときに支援します。

• 環境負荷の少ない資材の生産・販売
• 環境に配慮した農産物等を用いた新商品の生産・販売
• 新たな機械・設備による流通の効率化

支援はハードとソフトに分かれます。

ハード支援：機械・設備の導入

事業活動に必要な機械・設備の導入が対象です。例として、ペレット堆肥の製造設備、食品加工設備、区分管理のための小規模保管設備などがあります。国・都道府県の負担は費用の1/2以内で、事業費が1億円を超える案件の上限は2億円です。

ソフト支援：調査・検証・情報発信

次のようなソフトの取組を支援します（認定見込みの事業者を含みます）。

• 供給者の調査
• 効果の検証
• 情報発信・広報——新作物の栽培検証、展示会でのPR、合意形成のための会合 等

国・都道府県の負担は定額で、上限は650万円です。設備投資の前段で市場性や効果を固めたい事業者は、ソフト枠から着手する選択肢があります。

2．特定計画認定事業者等への支援

地域の農林漁業者のうち、特定計画（環境負荷低減に関する計画）の認定を受けた者を中心に、計画の実施に必要な機械・設備の導入を支援します。

支援対象には、次の主体が含まれます。

• 特定計画の認定農林漁業者
• 認定者に資材・機械を供給する関連施策実施事業者
• 大規模有機を行うみどり認定農業者——地域でのモデル取組を通じて機械・設備を導入する場合

想定される設備例は、水田除草機、堆肥舎などです。国・都道府県の負担は費用の1/2以内で、管理団体あたりの上限は、機械が200万円、施設整備が1,000万円です。有機農業を産地単位で広げる支援策は、有機農業の産地づくりを支える有機農業拠点事業もあわせて読むと位置づけがつかめます。

上限額と負担区分の整理

支援メニューごとの上限と負担の型は、次のとおりです。

ハードと特定計画系は実費の半額、ソフトは定額交付——申請前に、見積・認定区分・管理団体の単位が要件と合うかを押さえます。対象経費の範囲と除外項目は、交付要綱・公募案内に沿って整理します。

手続き・申請の流れと予算

資金の流れは、次の2パターンがあります。

• 直接交付——国（定額）→民間団体等
• 都道府県経由——国（定額または1/2）→都道府県（1/2）→民間団体等

申請窓口と様式は、都道府県が窓口となる案件か、国・団体が直接受け付ける案件かで異なります。令和8年度当初予算の本件内数は574百万円（前年度612百万円）、令和7年度補正の内数は4,000百万円（前年度3,828百万円）です。

基盤確立の認定事業者は、大型のハードと先行のソフトを組み合わせて計画を組み立てやすくなります。特定計画・みどり認定の農業者は、管理団体単位の200万円・1,000万円の枠内で、機械と施設をどう配分するかが実務の焦点になります。

よくある質問

みどり認定を受けるとどんなメリットがありますか

みどりの食料システム法に基づく認定（みどり認定）を受けた農業者のうち、大規模有機を地域のモデル取組として行う場合、本事業で機械・設備の導入支援を受けられます。補助率は費用の1/2以内、上限は管理団体あたり機械200万円・施設整備1,000万円です。環境負荷低減の取組を地域に定着させる支援は、環境負荷低減活動定着サポートなど別の事業にもあります。

対象になるのはどんな事業者ですか

基盤確立事業の認定事業者、特定計画の認定農林漁業者、認定者に資材・機械を供給する関連施策実施事業者、大規模有機のみどり認定農業者の4類型です。いずれもみどりの食料システム法に基づく認定が前提で、ソフト支援に限り認定見込みの事業者も含みます。

補助率と上限額はどれくらいですか

基盤確立事業認定事業者向けのハード支援は費用の1/2以内で、事業費1億円超案件の上限は2億円です。ソフト支援は定額で上限650万円です。特定計画認定事業者等への支援は費用の1/2以内で、管理団体あたり機械200万円・施設整備1,000万円が上限です。

どこに申し込みますか

交付経路は、国から民間団体等への直接交付と、都道府県を経由する交付の2パターンです。申請窓口と様式は案件の型によって異なるため、まず都道府県の農政担当部局か、農林水産省のみどりの食料システム関連案内で公募情報を確かめます。

ソフト支援だけでも活用できますか

活用できます。供給者の調査、効果の検証、新作物の栽培検証・展示会でのPR・合意形成の会合といった情報発信が対象で、定額・上限650万円です。設備投資の前段で市場性や効果を固めたい事業者が、ソフト枠から着手する使い方が想定されています。

みどりの食料システム法とはどんな法律ですか

本事業の支援対象を決める認定制度の根拠となる法律です。基盤確立事業・特定計画・みどり認定は、いずれもこの法律に基づく認定です。背景にあるみどりの食料システム戦略は、令和12年度までのKPIとして化学的農薬・肥料の使用削減などを掲げており、農業の気候変動・生物多様性への対応と一体で進む政策です。

次の一歩

まず、自社の認定区分（基盤確立事業／特定計画／みどり認定）と、投資候補がハードかソフトかを整理します。そのうえで、都道府県の農政担当部局または公募を行う団体に相談し、交付経路と申請様式を確かめます。交付要綱・公募条件・補助率の最新版は、農林水産省のみどりの食料システム関連案内をご覧ください。

キーワード解説

みどりの食料システム戦略推進交付金

「みどりの食料システム戦略」の実現に向け、環境負荷低減や地域循環などの取組を支援する交付金の総称です。本記事のみどりの事業活動を支える体制整備は、その子事業の一つで、認定事業者・認定農林漁業者のハード・ソフトを担います。

基盤確立事業（基盤確立計画）

みどりの食料システム法に基づき、食料システムの基盤確立に向けた事業計画を策定し、認定を受けた事業者・事業です。資材・新商品・流通効率化に加え、ハード・ソフトの両面の支援対象となります。

特定計画（特定環境負荷低減事業活動）

環境負荷低減に関する特定の計画に基づき認定された農林漁業者の計画です。計画の実施に必要な機械・設備の導入が支援の中心で、関連する資材・機械を供給する事業者も対象に含まれます。

関連施策実施事業者

特定計画の認定農林漁業者に、環境負荷低減に資する資材や機械を提供する事業者です。認定者と一体のサプライチェーンとして、設備導入の支援対象に含まれます。

みどり認定農業者

みどりの食料システム法に基づく認定を受けた農業者です。大規模有機を行う認定農業者が、地域のモデル取組として機械・設備を導入する場合、特定計画系の支援メニューの対象となります。

令和12年度までのKPI

みどりの食料システム戦略で定める中期的な達成指標です。化学的農薬・肥料の使用削減など、環境負荷低減に関する数値目標があり、本件の設備・ソフト支援はその達成を支える位置づけです。